引起口臭的原因复杂，但主要是由于胃肠失调。胃腑积热，胃肠功能紊乱，消化不良，胃肠出血，便秘等引起口气上攻及风火或湿热所致，口臭的治疗要在了解口臭的原因上进行，根据口臭的病因，修复胃肠黏膜及脏腑功能性障碍，恢复胃肠正常蠕动能力，清理宿食，调节肠道消化功能。只有进行全面的胃肠调理，才能从消除口臭。
引起晨起口臭的原因大致有以下几种：
1、消化道疾病：比如胃溃疡、十二指肠溃疡、糜烂性胃炎、萎缩性胃炎等胃病，都会出现不同程度上的口臭;食物在胃内发酵腐败产生的气体，也可以引起口臭;幽门梗阻常出现臭鸭蛋性口臭。幽门螺杆菌感染也有可能促使厌氧菌处于活跃状态，或直接产生硫化物，从而导致口臭。
2、长期的便秘：会因体内产生的有害物质不能及时排出，被吸收入血而引起口臭以及腹胀、食欲减退、易怒等自体中毒症状。
3、滥用药物：能使唾液分泌减少的药物，如某些镇静药、降血压药、利尿药以及具有温补作用的中药等。
4、精神心理因素：心理压力过大，经常性的精神紧张导致身体副交感神经处于兴奋状态，尤其是唾液腺分泌减少，导致口干，从而有利于厌氧菌生长而产生口臭。
